W okresie wegetacji chore i zbrązowiałe liście powinny być regularnie usuwane. Pędy kwiatowe pozostające po przekwitnięcia kwiatów należy usuwać tuż przy kłączu przez wyłamywanie lub wycinanie przy suchej pogodzie. Poniżej krótki opis najczęściej spotykanych chorób irysów.

Grzybowa plamistość liści

Plamy na liściach spowodowane są przez grzyb rozprzestrzeniający się przy udziale wiatru i deszczu. Choroba objawia się w postaci małych żółtobrązowych plamek występujących najpierw u wierzchołków liści, potem ogarniających stopniowo całe liście aż do kłączy, którą mogą nawet zacząć gnić. Stare i zwiędnięte oraz zarażone liście powinno się natychmiast usuwać. Chore rośliny można opryskiwać preparatami grzybobójczymi (np. Bayleton, Benlate, Dithane, Kaptan, Ronilan, Rowral) stosując je naprzemiennie w okresie do 6 tygodni przed kwitnieniem i po deszczu. Ponieważ ciecz, którą bedą opryskiwane irysy, trudno pokrywa ich liście, wskazany jest dodatek środków zwiększających przyczepność lub (w warunkach amatorskich) niewielką ilość płynu do mycia naczyń (1-2 łyżeczki na 10 litrów cieczy).

Miękka zgnilizna kłączy

Zbyt duża wilgotność gleby może przyczynić się do powstania ognisk choroby określanej jako miękka zgnilizna kłączy wywoływana przez bakterię Erwinia carotovora. Chorobie tej sprzyja nadmierne nawożenie azotem oraz uszkodzenia mechaniczne kłączy spowodowane żerowaniem owadów lub nieostrożnymi zabiegami odchwaszczającymi. Zwiastunami choroby są żółknące od dołu liście. Chorą tkankę kłączy szybko należy usunąć ostrym nożem aż do zdrowej części, obmyć bielinką używaną do prania, wysuszyć i zasypać miejsce cięcia węglem drzewnym lub zabezpieczyć innym środkiem grzybobójczym.